Հոմոլոգիայի մոդելավորումը ստանում է թիրախային սպիտակուցի եռաչափ կառուցվածքը՝ հիմնված կաղապարի և թիրախային հաջորդականությունների նմանության վրա, և այս տեխնիկան ապացուցում է, որ արդյունավետ է, երբ խոսքը վերաբերում է թաղանթային սպիտակուցների ուսումնասիրությանը, դժվար է բյուրեղացնել, ինչպես GPCR, քանի որ այն ապահովում է …-ի ըմբռնման ավելի բարձր աստիճան
Ի՞նչ է հոմոլոգիայի մոդելավորումը և ինչո՞ւ է այն անհրաժեշտ:
1.2.
Հոմոլոգիայի մոդելավորումը ամենաճշգրիտ հաշվողական մեթոդն է հուսալի կառուցվածքային մոդելներ ստեղծելու համար և սովորաբար օգտագործվում է բազմաթիվ կենսաբանական կիրառություններում: Հոմոլոգիայի մոդելավորումը կանխատեսում է հարցման սպիտակուցի 3D կառուցվածքը ձևանմուշների սպիտակուցների հաջորդականության հավասարեցման միջոցով:
Ի՞նչ է հոմոլոգիայի մոդելավորման սկզբունքը:
Հոմոլոգիայի մոդելավորումը հայտնի է նաև որպես համեմատական մոդելավորում, որը կանխատեսում է սպիտակուցային կառուցվածքները՝ հիմնվելով հայտնի կառուցվածքների հետ հաջորդականության հոմոլոգիայի վրա: Այն հիմնված է այն սկզբունքի վրա, որ « եթե երկու սպիտակուցներ ունեն բավականաչափ բարձր հաջորդականության նմանություն, նրանք, ամենայն հավանականությամբ, կունենան շատ նման եռաչափ կառուցվածքներ»:
Ի՞նչն է լավ հոմանոլոգիական մոդելավորումը:
Եթե մենք սահմանում ենք «բարձր հաջողված հոմոոլոգիայի մոդել» որպես էմպիրիկ կառուցվածքից <=2 Å rmsd, ապա կաղապարը պետք է ունենա >=60% հաջորդականության նույնականացում թիրախի հետ հաջողության համար: տոկոսադրույքը >70% Նույնիսկ բարձր հաջորդականության նույնականացման դեպքում (60%-95%), տասը հոմոլոգիայի մոդելներից մեկն ունի rmsd >5 Å ընդդեմ
Ստորև նշվածներից ո՞րն է ճիշտ հոմոոլոգիայի մոդելավորման վերաբերյալ:
Բացատրություն. Ինչպես երևում է անունից, հոմոլոգիայի մոդելավորումը կանխատեսում է սպիտակուցային կառուցվածքները՝ հիմնված հաջորդականության հոմոոլոգիայի վրա հայտնի կառուցվածքների հետ Հոմոլոգիայի մոդելավորումն արտադրում է ամբողջ ատոմային մոդել՝ հիմնված կաղապարի սպիտակուցների հետ համահարթեցման վրա:… Հավասարեցման քայլում թույլ տրված սխալները չեն կարող ուղղվել հետևյալ մոդելավորման քայլերում:
